機械與能源工程系-南方科技大學
南方科技大學機械與能源工程系成立于2016年1月（以下簡稱：機械系），以建設國際一流的創新工程人才培養和科學研究基地為目的。實行通識教育以加強數理基礎，結合創新、實踐課程以及機械工程師基本能力訓練，著重培養具有堅實理論基礎、杰出實踐能力、自主學習能力、知識綜合運用能力和優秀創新能力，同時具有交叉學科背景、優秀人文素養，能深入研究工程科學問題的學術型人才、能夠領導解決工程重大問題的創新型人才，具備國際化理念的領軍人才。本系的研究方向主要包括：智能制造、成形制造及3D打印、精密加工技術、軟物質設計與制造及能源工程、機器人與自動化。
前沿與交叉科學研究院-南方科技大學
南方科技大學前沿與交叉科學研究院（SUSTech Academy for Advanced Interdisciplinary Studies，簡稱南科大科研院）致力于促進前沿科學的探索研究與學科發展的交叉融合?？蒲性阂灾卮罂茖W問題為導向，積極整合不同專業學科的優勢，匯聚多領域人才，搭建大型共享的實驗平臺，提供思想碰撞的場所，以突破單一學科難以解決的重大科學技術問題，并以此為契機探索學科交叉融合的機制辦法和新的學科生長點，打造高端學術生態。
人文社會科學學院、生命科學院-南方科技大學
人文社會科學學院是隸屬南方科技大學的一級學院教研機構。學院由人文科學中心，社會科學中心暨高等社會科學研究院、高等教育中心（為UNESCO高等教育創新中心提供實體支撐）、語言中心、藝術中心5個系級教研機構組成。
生命科學院-南方科技大學
生物系-神經科學研究所細胞實驗室平臺
生物系細胞實驗室平臺
實驗動物中心-南方科技大學
南科大實驗動物中心位于慧園4棟?？偨ㄖ娣e2644平方米，其中一層普通環境323平方米，用于開展普通級家兔和豚鼠動物實驗；四層屏障環境1161平方米和五層屏障環境1160平方米，用于開展SPF級大鼠和小鼠動物實驗。南科大實驗動物中心是南科大廣東省高水平理工大學建設的重要校級平臺之一。在2017年1月順利通過專家評審并取得廣東省科技廳頒發的《實驗動物使用許可證》（SYXK（粵）2017-0170）。鑒于南科大在實驗動物領域較高的影響力，2019年受邀加入“粵港澳實驗動物創新與共享服務聯盟”。
實驗動物儀器平臺包括：小動物活體熒光成像系統、小動物B超、小動物MicroCT、輻照儀、大小鼠代謝籠及大小鼠行為測試分析系統等設備。實驗動物技術服務包括：小鼠生物凈化，體外受精，精子凍存與復蘇，胚胎凍存與復蘇，實驗動物基本操作培訓等。
臺州研究院-南方科技大學
環境污染綜合防治研究中心實驗室
南方科技大學臺州研究院（以下簡稱研究院）成立于2018年7月20日，是南方科技大學與臺州市人民政府共同發起成立具有事業法人資格的科技創新實體。
研究院功能定位為科技成果產業化。按照“市場主導、市校共建、企業協同"的原則，依托南方科技大學的重大產業化成果密集、高端科技人才薈萃、體制機制靈活等方面的優勢，以“政產學研合作、匯聚創新資源、搭建高端平臺、打造人才高地、孵化高新企業"為手段，采用“1 + 1 + X”（即一個研究院、一個實體運行公司、X個項目公司）靈活機動的運作模式，創建具有科技特色的一流研究院。
研究院緊緊圍繞藥物、環境、智造、航空、新材料五個研究中心， 技術轉移和孵化、人才培養和引進兩個基地，打造具有科技色彩的“五中心、二基地"， 實現技術轉移、成果孵化、產業化、人才培養四位一體，加快臺州產業升級和戰略性新興 產業培育壯大，促進臺州市經濟和南科大科技轉化的高質量發展。
2018年5月國家生態環境部正式發函，同意以南方科技大學為依托建設國家環境保護流域地表水-地下水污染綜合防治重點實驗室。該實驗室是南方科技大學環境學院首個部級重點實驗室，標志著南方科技大學環境學院正式加入環保領域“國家隊”。
該實驗室帶頭人為環境學院院長鄭春苗教授，針對水體污染防治科技與行業發展需求，以流域為系統，開展地表水-地下水污染防治領域“科學-技術-管理”三層次研究：
（1）流域水環境演化規律及地表水-地下水交互作用機理、耦合機制與生態環境效應及其調控機制；
（2）流域地表水-地下水污染監測、調查和綜合防治關鍵技術以及綠色環保設備及先進材料；
（3）流域地表水-地下水污染風險評估、健康效應評價與優化管控技術。
實驗室的建設目標是將“國家環境保護流域地表水-地下水污染綜合防治重點實驗室”打造成國際一流的研發平臺、標準化檢測中心和未來的國家重點實驗室，提升流域地表水-地下水污染防治科技水平，保護我國地表水和地下水生態環境。
藥物綠色合成中心
南方科技大學臺州研究院(以下簡稱研究院)是南方科技大學與臺州市人民政府共同發起成立具有事業法人資格的科技創新實體。研究院藥物綠色合成研究中心孵化成立臺州愛申特科技有限公司，致力于生物醫藥、化學化工行業關鍵技術創新，由國家尖端人才張緒穆教授創立。團隊開發具有完全自主知識產權、安全、高質量、低成本、環保的藥物綠色合成新工藝，結合臺州產業化優勢，提升臺州醫藥行業國際競爭力。
系統設計與智能制造學院-南方科技大學
系統設計與智能制造學院（SDIM）成立于2018年11月1日，是SUSTech探索和應用新工科教育理念的主要平臺之一。SDIM致力于工程教育改革，精心培育未來的創新創業領袖及杰出的工程人才，助力粵港澳大灣區智能制造業的升級，服務國家創新驅動發展的宏偉戰略目標 。
喜格SICOLAB服務于防疫防控、科研機構、醫療機構、各級醫院、疾控CDC、化工行業、高職大學、國家省市級質量監督局、出入境檢疫局、農業監測、環境監測、水質監測、DNA檢測機構、核酸PCR檢測機構、法醫醫學鑒定機構、生物制藥行業、干細胞研發制備機構、各類工廠企業研發及QC質檢、第三方檢測檢驗機構、檢驗防疫等行業。
喜格SICOLAB專注于各類實驗室及受控環境（生物樣本庫、醫療冷庫、無菌環境工程、GMP實驗室、GMP潔凈車間、GMP凈化工程、實驗室、化驗室、檢驗科病理科輸血科、中心供應室、動物房、手術室、恒溫恒濕環境工程等）的規劃設計、平面方案、工藝布置與建設施工、裝修施工、改造施工，含實驗室家具（操作臺、通風櫥、排毒柜、超凈臺等）系統、通風系統、排風系統、潔凈系統、配電系統、給排水系統、特殊供氣供水系統、恒溫恒濕系統、廢氣處理系統、廢水處理系統、壓差控制系統、智能控制系統、安防保衛系統、消防系統。
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